Fundacja Agory działa od października 2004 roku. Powstanie było związane z rozwijaniem zakresu działania Agory i Agory-Holding, w ramach której zajmowano się także działalnością charytatywną.
Agora pomaga osobom ciężko chorym a także niepełnosprawny dzieciom. Dodatkowo także funduje programy stypendialne oraz finansuje akcje społeczne, firmowane przez Gazetę Wyborczą.
W marcu 2005 roku, Fundacja Agora otrzymała status organizacji pożytku publicznego. Na subkonto można przekazywać 1% podatku. W 2008 roku Fundacja Agory zebrała około 92 milionów złoty. Sfinansowano różne projekty, w tym wydanie prospektu pt. „„Informatora dla ludzi przewlekle chorych, umierających i ich rodzin”.
Dodatkowo, zorganizowano warsztaty o wolontariacie w hospicjach dla kadry nauczycielskiej. Zorganizowano również warsztaty dla studentów uczelni medycznych o udzielaniu pomocy medycznej.
Fundacja Agora stale się rozwija. Akcje organizowane są coraz częściej, zarządzane w profesjonalny sposób. Poza tym Agora cieszy się zaufaniem publicznym.